La historia de la Universidad de San Carlos de Guatemala ha sido muy compleja, en principio estuvo dirigida por la Iglesia Católica y por los reyes de España, posteriormente por los criollos y cuando fue la independencia de Guatemala la universidad dejo de funcionar porque la cerraron en 1829, reabrièndola en 1834, ya para 1840 estuvo  bajo el nombre de la Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo, en un periodo corto de 1918 a 1920, el dictador Estrada Cabrera le puso su nombre, los rectores eran nombrados por los presidentes, en otro periodo estuvo bajo la dirección del ministerio de educación, en esos años era conocida como universidad nacional.

El primer rector de la era democrática fue Carlos Martínez Durán, quien estuvo dos periodos de 1945 – 1949 y de 1958-1961, aquí fue donde la universidad creció masivamente, porque el gobierno de la Revolución de esos años le concedió la Autonomía y los terrenos para crear la ciudad universitaria en la zona 12 de la ciudad capital, posteriormente hubo una sucesión de rectores que seria muy largo de enumerar, unos que sobresalieron por la calidad de profesionales que se buscaba para dirigir la casa más grande de estudios superiores de Centroamérica, inclusive solo la facultad de Ciencias Económicas es más grande que las universidades de Costa Rica.

Uno de los grandes académicos que pasaron por la rectoría de la USAC el Lic, Edmundo Vásquez Martínez, que después fue Ministro de Educación, dejo un slogan “no dejes que manos profanas toquen este recinto universitario” llego a ser ministro de educación, cuando la universidad se estaba expandiendo, pero los que tuvieron que enfrentar los años más crueles de represión en contra de la USAC, fue Lic. Rafael Cuevas del Cid, 1970-1974, Dr. Saúl Osorio Paz, 1978-1980, quien prácticamente estuvo enclaustrado dentro de la rectoría, por estar sentenciado a muerte por los grupos paramilitares, al final se fue al exilio a México donde obtuvo un doctorado, cuando regreso a los pocos años falleció.

El último de los rectores que le toco vivir una experiencia represiva fue el Dr. Eduardo Meyer Maldonado, 1982-1986, quien  enfrento a los militares cuando sorpresivamente invadieron la USAC en 1985, él se presentó y le dijo a los militares que lo dejaran entrar,  al final los militares estuvieron como dos semanas y abandonaron las instalaciones de la USAC, no sin antes haber destruido los archivos y llevarse una copia de todo, dejando hechas sus necesidades fisiológicas en las oficinas, con los papeles regados en todas partes, así es como actuaba esa institución castrense en contra de la USAC, no le basto con haber asesinado a prominentes profesionales y líderes estudiantiles de todas las facultades.

La Universidad de San Carlos tiene actualmente 235,212 estudiantes en 2022, de ellos el 54% en la capital y el 46% en los departamentos, de estos el 56% son de facultades y sedes regionales, el 10% es de escuelas no facultativas, 34% Centros Universitarios, desde hace años que el gobierno no traslada el 5% constitucional que le corresponde, de acuerdo a los incrementos de los ingresos ordinarios del Estado, se debe presupuestar a los centros regionales, porque cada año no tienen recursos para pagarle a los docentes, no se toma en cuenta el incremento anual del ingreso estudiantil en la USAC, hoy se encuentra entrampada la elección de rector, participaron muchos candidatos dándose una dispersión en la elección de los cuerpos electorales, lo que da paso a las alianzas estratégicas.