El diccionario de Ciencias Jurídicas políticas y sociales establece que la Autonomía se define como estado y condición del pueblo que goza de entera independencia política. Además, establece que es la condición que goza un individuo que de nadie depende en ciertos aspectos. Es la potestad que, dentro de un Estado, pueden gozar entidades (Universidad) para regir intereses peculiares de su vida interior, mediante normas y órganos de gobierno propio.  

Es importante determinar que la Autonomía Universitaria y la Autonomía Política son fenómenos totalmente independientes, los cuales deben desarrollarse por separado e incluso podrían funcionar de forma separada totalmente, sin embargo, al parecer en Guatemala existe una franca dependencia entre la Autonomía Universitaria y la Autonomía política, dando pie a una interferencia en la realidad, que dista mucho de ser casual.

La Autonomía Universitaria debe comprenderse como el futuro que tienen las sociedades actuales de renovarse, sin la misma el futuro seria incierto e inconcebible. Si la Universidad pierde su autonomía al mismo tiempo pierde como centro de formación del talento humano, de inteligencia crítica, el análisis de todas las situaciones existentes será vano y no se podrá postular cambios para el perfeccionamiento, por lo tanto, el estudio constantemente en cuestión de los resultados de la investigación, academia y extensión, no permitirán cuidar la formación de profesionales y se crearán recetas definitivas y preestablecidas para continuar con el servilismo. 

La Autonomía Universitaria esta consagrada a nivel Constitucional, desarrollada legislativamente y con jurisprudencia, constituyendo la piedra angular sobre la que reposa el funcionamiento de la Universidad de San Carlos de Guatemala. Su salvaguarda se encuentra en las competencias diseñadas para responder a los anhelos más legítimos de la población, como lo dicta en su génesis el Decreto Número 12 de fecha 9 de noviembre de 1944 de la Junta Revolucionaria de Gobierno. 

“…Considerando: que fue fermento valioso de la revolución trascendental que vivimos, la decisión  de estudiantes y profesionales dignos, de llegar a la autonomía  universitaria para poner al Alma Mater a salvo de las agresiones  dictatoriales que la habían convertido  en mera fábrica de profesionales, donde  la libre investigación era anulada, y el pensamiento perdía toda eficiencia, al quedar bajo control hasta en sus más mínimos detalles…” 

La Autonomía Universitaria es un derecho fundamental y no una garantía institucional, por lo que no debe existir interferencia externa so pretexto del inmovilismo y estatismo, que impidan a la Universidad cumplir con sus funciones esenciales la formación de los profesionales y los científicos, con un proceso de aprendizaje contextualizados abiertos a la investigación, extensión y academia, pero sobre todo al cambio permanentemente plural, esencialmente a la función crítica de una sociedad multiétnica y pluricultural. 

“La Autonomía Universitaria es Libertad y no atadura”